Die wenigen der Freimaurerei treu gebliebenen Mitglieder gründeten kurz darauf das Kränzchen «Akazia» unter der Schutzherrschaft der Loge von Winterthur. Während nahezu 100 Jahren versammelten sich Freimaurer aus Schaffhausen einmal im Monat zu Vorträgen und Diskussionen in diesem Zirkel. Gelegentlich traf man sich auch mit den Ehefrauen und Gästen zu gesellschaftlichen Anlässen, und dank einer Armenkasse konnte sogar eine gewisse lokale Wohltätigkeit ausgeübt werden.

Ab 1963 bezeichnete sich das Kränzchen als «Freimaurer-Zirkel Akazia Schaffhausen». 1968 gründeten dessen Mitglieder den «Verein St. Johann zur Gründung einer Freimaurerloge in Schaffhausen», der die materiellen und organisatorischen Voraussetzungen für eine Logengründung schaffen sollte. Dies führte dann am 9. November 1981 zur Gründung der Loge «St. Johann am Rhein» und der Vorlage ihrer Statuten und Rituale bei der SGLA durch 19 Freimaurer aus den Reihen des Zirkels und des Vereins.

An der 130. Grosslogentagung der SGLA in Basel wurde die Loge «St. Johann am Rhein» am 8. Mai 1982 in feierlicher Form als Loge Nr. 57 in die SGLA aufgenommen. Die sogenannte Lichteinbringung erfolgte am 25. September 1982 durch den amtierenden Grossmeister Alain Marti in der historisch und kunstgeschichtlich bedeutenden Rathauslaube. Anwesend waren über 100 Freimaurer aus dem In- und Ausland. Seither entwickelt sich die Loge stetig. Ihr gehören heute 36 Mitglieder an.